Профессором Анатолием Ивановичем Ищенко предложены и внедрены методики органосберегающего лечения аденомиоза, методы коррекции опущения, выпадения половых органов, недержания мочи, оригинальный метод интрафасциальной экстирпации матки. Анатолий Иванович владеет всеми высокотехнологичными методами хирургического лечения для выполнения гинекологических операций любой категории сложности.
Под руководством Анатолия Ивановича Ищенко защищено 30 кандидатских и 6 докторских диссертаций.